In plaats van op bladzijden, wordt de inhoud bij digitale boeken opgeslagen in een bestand. Hiervoor zijn verschillende bestanden mogelijk, maar .epub is vooruit het populairst.

EPUB
Het meest gebruikte bestandsformaat voor e-books is EPUB. De afkorting staat voor electronic publication. De extensie, het einde van de bestandsnaam, is .epub. Het formaat wordt ondersteund door bijna alle e-readers, met uitzondering van de Amazon Kindle.

Het voordeel van EPUB is dat de tekst en de lay-out als het ware los van elkaar wordt opgeslagen. Hierdoor kan het op verschillende e-readers, ongeacht het formaat van het scherm, op de juiste manier worden ingelezen. Ook zorgt dit er voor dat teksten makkelijk vergroot kunnen worden zonder de opmaak daarmee te verpesten.

PDF
Veel e-readers kunnen ook PDF-bestanden lezen. Omdat bij dit formaat de tekst min of meer samen met de opmaak in één laag wordt opgeslagen, kan het zich minder goed aanpassen aan e-readers. Teksten kunnen minder goed leesbaar zijn, of het verhogen van de leesbaarheid gaat ten koste van de opmaak.

TXT
Een ander formaat dat de meeste e-readers kunnen lezen is TXT. Deze bestanden bevatten enkel tekst, dus geen opmaak. Hierdoor zijn ze geschikt voor de meeste apparaten, maar biedt het minder extras dan EPUB.

AZW/AZW3/KF8
AZW en AZW3 (ookwel KF8) zijn bestandsformaten bedacht en ontwikkeld door Amazon. De AZW3/KF8 is het modernst van de twee, en heeft de meest mogelijkheden qua layout. U zult deze formaten alleen aantreffen op de e-readers van Amazon, de Kindle.